潔凈室內的氣流是左右潔凈室性能的重要因素，一般潔凈室的氣流速度是選0.25~0.5m/s之間，此氣流速度屬微風區域，易受人、機器等的動作而干擾趨于混亂、雖提高風速可抑制此一擾亂之影響而保持潔凈度、但因風速的提高，將影響運轉成本的增加，所以應在滿足要求的潔凈度水準之時，能以最適當的風速供應，以達到適當的風速供應以達到經濟性效果。另一方面欲達到潔凈室潔凈度之穩定效果，均一氣流之保持亦為一重要因素，均一氣流若無法保持，表示風速有異，特別是在壁面，氣流會延著壁面發生渦流作用，此時要實現高潔凈度事實上很困難。

垂直層流式方向要保持均一氣流必須：吹出面的風速不可有速度上的差異；地板回風板吸入面之風速不可有速度上的差異。速度過低或過高（0.2m/s，0.7m/s）均有渦流之現象發生，0.5m/s之速度，氣流則較均一，一般潔凈室，其風速均取在0.25~0.5m/s之間。拆卸式壁板設計，便于在內部對粉塵顆粒過濾器進行維護；循環氣流或單向氣流模式，當加工操作過程中使用有機溶劑或產生有害煙霧時，需要采用單向氣流模式（電子原器件需要額外的防爆檢測并提供證明）再循環氣流系統產生的熱量可以通過加裝的冷卻盤管消除；HEPA/ULPA膠封型下沉氣流過濾器可在潔凈工作室內進行更換，過濾器膠封技術相比較傳統的密封墊方法在實際使用中更為可靠。